In 1415 gaf hertog Willem van Beieren aan ‘de lieden van Rijsduinen’ onder bepaalde voorwaarden toestemming tot het bouwen van een eigen kapel. Rijsduinen lag bij De Koog in wat tegenwoordig het Kogerveld heet. Daarom neemt men 1415 aan als het bouwjaar van de kerk in De Koog. In 1503 wordt in een geschrift van de Texelse schepenen Coppen Gerritsz. en Symon Isbrantsz. ook gewag gemaakt van het kerkje. Zij hadden de vier kerkmeesters van De Koog voor zich geroepen om hen te laten verklaren dat zij de buitendijkse wadgronden, die het eigendom van de kerk waren, onder het gezag moesten laten stellen van Jan van Schoonhoven, raadsheer in het Hof van Holland. Het kerkje was toen, na de ondergang van De Westen, de belangrijkste bedeplaats geworden voor de Texelse vissers (De Koog was in die tijd een vissersdorp).

In 1559 is de kapel van De Koog tot parochiekerk verheven onder het priesterschap van Antonius Cornelis Stam. Tijdens de inval van de Watergeuzen op 25 maart 1571 ontkwam ook de kerk van De Koog, evenals die in de andere dorpen, niet aan hun vernielzucht. De achteruitgang van De Koog, na een stormvloed en verzanding van het zeegat voor het dorp, kreeg in 1623 gestalte toen de Regenten en Kerkmeesters van De Koog van de Staten van Holland een octrooi kregen om belasting te heffen op het gebruik van bier en wijn bij tappers en herbergiers ten behoeve van de kerk die in financiële nood was geraakt door opbouw en onderhoud van de kerk ten dienste van de binnenkomende schepen.